Blast

BLAST двух последовательностей

Все четыре программы blastn, blastp, blastх, tblastn могут использоваться не только для быстрого поиска, но и для локального выравнивания двух последовательностей. Для этого нужно положить последовательности в fasta-формате в два файла, например seq1.fasta и seq2.fasta и выполнить команду, например:

blastn -task blastn -query seq1.fasta -subject seq2.fasta

 — результатом будет выравнивание последовательности seq1.fasta с последовательностью seq2.fasta, причём обе последовательности будут обработаны как нуклеотидные. От реализаций алгоритма Смита – Уотермена, например «water» пакета EMBOSS, результат будет отличаться двумя вещами: во-первых, помимо самого выравнивания и его веса будет посчитана и его статистическая значимость (E-value); во-вторых, в отличие от water, программы BLAST не гарантируют нахождение оптимального по весу выравнивания – используется обычный для BLAST быстрый эвристический алгоритм.

Лечение

Что делать, если анализ крови показал наличие бластных клеток? В этих случаях врач обычно назначает ряд дополнительных анализов. Самым информативным из них является пункция костного мозга. Чрезмерно высокое количество бластов в пунктате является признаком лейкемии.

Если диагноз «лейкоз» подтвердился, то необходимо немедленно приступать к лечению

Важно помнить, что на ранних стадиях рака крови вполне возможно достичь полной или частичной ремиссии. В наши дни применяются следующие методы лечения лейкемии:

  1. Химиотерапия. Пациенту назначают цитостатики, которые подавляют рост новообразования в костном мозге. Такое лечение может занимать довольно длительное время.
  2. Переливание крови. Пациенту вводят внутривенно эритроциты и тромбоциты, полученные от донора. Это помогает поднять уровень гемоглобина и уменьшить кровоточивость.
  3. Радиотерапия. Такой вид лечения показан при хроническом лейкозе. Пациенту облучают увеличенные лимфоузлы и область селезенки.
  4. Антибактериальная терапия. Пациенты с лейкозом очень подвержены инфекционным патологиям. С целью предотвращения таких заболеваний назначают курсы приема антибиотиков.
  5. Пересадка костного мозга. Такая операция помогает полностью избавиться от лейкоза. Сложность трансплантации заключается в том, что чужой орган кроветворения не всегда приживается.

После комплексной терапии проводят повторную пункцию костного мозга. Если концентрация бластов снизилась до 5 %, то врачи говорят о полной ремиссии. Если же показатель незрелых клеток не превышает 20 %, то ремиссия считается частичной. В любом случае пациенту необходимо пожизненно соблюдать рекомендации врача. Лейкоз относится к опасным и тяжелым заболеваниям. Даже при полной ремиссии нельзя исключать рецидивы патологии.

Подготовка к анализу

Пробу на бластные клетки обычно берут утром, натощак. Результаты анализа чаще всего бывают готовы уже на следующий день.

Какие правила нужно соблюдать перед взятием биоматериала на бласты? Это исследование не требует сложной подготовки. Нужно придерживаться следующих рекомендаций:

  • прекратить прием еды за 8 часов до теста;
  • не употреблять алкоголь накануне исследования;
  • за 2 часа до взятия крови исключить курение.

Рекомендуется также прекратить прием лекарств за 3 дня до анализа. Если же больной не может прервать курс медикаментозного лечения, то нужно рассказать врачу обо всех принимаемых препаратах.

Navigation

Hero Association
1. Blast • 2. Tornado of Terror/Tatsumaki • 3. Silver Fang/Bang • 4. Atomic Samurai/Kamikaze • 5. Child Emperor • 6. Metal Knight/Bofoi • 7. King • 8. Zombieman • 9. Drive Knight • 10. Pig God • 11. Superalloy Darkshine • 12. Watchdog Man • 13. Flashy Flash • 14. Demon Cyborg/Genos • 15. Metal Bat/Bad • 16. Tanktop Master (Tank Topper Army) • 17. Puri-Puri Prisoner
1. Sweet Mask • 2. Iaian • 3. Okamaitachi • 4. Bushidrill • 5. Heavy Tank Loincloth • 6. Blue Fire • 7. Magic Trick Man • 8. Death Gatling • 9. Tanktop Vegetarian • 10. Stinger • 11. Twin Tail • 13. Great Philosopher • 16. Butterfly DX • 17. Lightning Genji/Genji • 19. Lightning Max/Max • 22. One Shotter • 24. Green • 25. Crescent Eyebroll • 26. Golden Ball • 27. Smile Man • 28. Spring Mustachio • 29. Narcissistoic • 30. Peach Terry • 31. Forte • 32. Shadow Ring • 33. Doll Master • 34. Feather • 35. Air • 36. Chain’n’toad • 37. Sneck • Heavy Kong
1. Blizzard of Hell/Fubuki (The Blizzard Group) • 2. Eyelashes • 3. Mountain Ape • 6. Wild Horn • 7. Caped Baldy/Saitama • 20. Glasses • 25. Pink Hornet • 29. Double Hole • 39. Smell Master • 39. Reclusamurai • 43. Gun Gun • 49. Butcher • 50. Jet Nice Guy • 60. Needle Star • 65. Piko • 69. Crying Man • 70. Trap Tengu • 71. Mizuki • 74. Lily of the Three Section Staff/Lily • 77. Bone • 81. Tanktop Black Hole • 93. Mushroom • 99. Shooter • Darkness Blade • Pineapple
1. Mumen Rider/Satoru • 3. Strange Binding Shell • 13. Tanktop Tiger • 22. D-Pad • 40. Funeral Suspenders • 66. Food Battler Futoshi • 85. Battery Man • 89. Red Muffler • 111. Armored Chief Clerk • 133. Gearsper • 141. Gasmask Cowboy • 174. Grave Eight • 179. Ecolo G • 203. Monocross • 221. Dynamite Man • 225. Angry Man • 283. Horse-Bone • 295. Studless • 300. Poison • 331. Bunbun Man • 347. Hyottoko • 359. Saturn Man • 385. Red Nose • Mohican • Cherion (Soda Pop Boys) • Swim • Water Gun • Shoulderpads • Hacker Net • Meat Pounder • Rabbit
Undetermined Class Tanktop Girl • Tanktop Rockabilly • Tanktop Racer • Tanktop Al Dente • Tanktop Swimmer • Tanktop Jungle • Tanktop Mask • Tanktop Hatter • Tanktop Doctor • Pandaman
Ex-Heroes All Back-Man • Grad School Graduate • Serial Bomber
Staff Members Agoni • Bearded Worker • Bespectacled Worker • C Branch Operator • Console Operator • Executive Girl • Guiches • Main Branch Operator • McCoy • Narinki • Sekingar • Shelter Nr. 7 Girl • Sitch • Some Important Guy • Special Committee Girl • Z Branch Committee Girl • Z Branch Operator • Zeimeet

Что это такое?

Бласты представляют собой незрелые кровяные клетки, которые продуцируются в костном мозге. В дальнейшем они преобразуются в эритроциты, лейкоциты и тромбоциты. Бластные клетки являются предшественниками зрелых кровяных телец.

У здорового человека бласты в костном мозге составляют не более 5 % клеток. При инфекционных заболеваниях их концентрация может возрастать до 10 %. Однако в норме незрелые клетки не должны попадать в кровоток. Они могут находиться только в пределах костного мозга.

При тяжелых гематологических патологиях у пациента появляются бласты в крови. Что это значит? Такой результат анализа указывает на онкологические болезни системы кроветворения. При этих патологиях в костном мозге образуется чрезмерное количество незрелых элементов. Избыток бластов выбрасывается в кровоток. Их наличие в анализе является тревожным признаком.

В начальной стадии рака крови в костном мозге может находиться около 40 % бластных клеток. В дальнейшем из этих незрелых элементов образуется злокачественная опухоль.

Running over Internet

Biopython provides Bio.Blast.NCBIWWW module to call the online version of BLAST. To do this, we need to import the following module −

>>> from Bio.Blast import NCBIWWW

To obtain any help about this module, use the below command and understand the features −

>>> help(NCBIWWW.qblast) 
Help on function qblast in module Bio.Blast.NCBIWWW: 
qblast(
   program, database, sequence, 
   url_base = 'https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi', 
   auto_format = None, 
   composition_based_statistics = None, 
   db_genetic_code =  None, 
   endpoints = None, 
   entrez_query = '(none)', 
   expect = 10.0, 
   filter = None, 
   gapcosts = None, 
   genetic_code = None, 
   hitlist_size = 50, 
   i_thresh = None, 
   layout = None, 
   lcase_mask = None, 
   matrix_name = None, 
   nucl_penalty = None, 
   nucl_reward = None, 
   other_advanced = None, 
   perc_ident = None, 
   phi_pattern = None, 
   query_file = None, 
   query_believe_defline = None, 
   query_from = None, 
   query_to = None, 
   searchsp_eff = None, 
   service = None, 
   threshold = None, 
   ungapped_alignment = None, 
   word_size = None, 
   alignments = 500, 
   alignment_view = None, 
   descriptions = 500, 
   entrez_links_new_window = None, 
   expect_low = None, 
   expect_high = None, 
   format_entrez_query = None, 
   format_object = None, 
   format_type = 'XML', 
   ncbi_gi = None, 
   results_file = None, 
   show_overview = None, 
   megablast = None, 
   template_type = None, 
   template_length = None
) 
   
   BLAST search using NCBI's QBLAST server or a cloud service provider. 
   
   Supports all parameters of the qblast API for Put and Get. 
   
   Please note that BLAST on the cloud supports the NCBI-BLAST Common 
   URL API (http://ncbi.github.io/blast-cloud/dev/api.html). 
   To use this feature, please set url_base to 'http://host.my.cloud.service.provider.com/cgi-bin/blast.cgi' and 
   format_object = 'Alignment'. For more details, please see 8. Biopython – Overview of BLAST
   
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE = BlastDocs&DOC_TYPE = CloudBlast 
   
   Some useful parameters: 
   
   - program blastn, blastp, blastx, tblastn, or tblastx (lower case) 
   - database Which database to search against (e.g. "nr"). 
   - sequence The sequence to search. 
   - ncbi_gi TRUE/FALSE whether to give 'gi' identifier. 
   - descriptions Number of descriptions to show. Def 500. 
   - alignments Number of alignments to show. Def 500. 
   - expect An expect value cutoff. Def 10.0. 
   - matrix_name Specify an alt. matrix (PAM30, PAM70, BLOSUM80, BLOSUM45). 
   - filter "none" turns off filtering. Default no filtering 
   - format_type "HTML", "Text", "ASN.1", or "XML". Def. "XML". 
   - entrez_query Entrez query to limit Blast search 
   - hitlist_size Number of hits to return. Default 50 
   - megablast TRUE/FALSE whether to use MEga BLAST algorithm (blastn only) 
   - service plain, psi, phi, rpsblast, megablast (lower case) 
   
   This function does no checking of the validity of the parameters 
   and passes the values to the server as is. More help is available at: 
   https://ncbi.github.io/blast-cloud/dev/api.html

Usually, the arguments of the qblast function are basically analogous to different parameters that you can set on the BLAST web page. This makes the qblast function easy to understand as well as reduces the learning curve to use it.

Parsing BLAST Result

Generally, BLAST output is parsed as XML format using the NCBIXML module. To do this, we need to import the following module −

>>> from Bio.Blast import NCBIXML

Now, open the file directly using python open method and use NCBIXML parse method as given below −

>>> E_VALUE_THRESH = 1e-20 
>>> for record in NCBIXML.parse(open("results.xml")): 
>>>     if record.alignments: 
>>>        print("\n") 
>>>        print("query: %s" % record.query) 
>>>        for align in record.alignments: 
>>>           for hsp in align.hsps: 
>>>              if hsp.expect < E_VALUE_THRESH: 
>>>                 print("match: %s " % align.title)

This will produce an output as follows −

query: gnl|alu|Z15030_HSAL001056 (Alu-J) 
match: gnl|alu|Z15030_HSAL001056 (Alu-J) 
match: gnl|alu|L12964_HSAL003860 (Alu-J) 
match: gnl|alu|L13042_HSAL003863 (Alu-FLA?) 
match: gnl|alu|M86249_HSAL001462 (Alu-FLA?) 
match: gnl|alu|M29484_HSAL002265 (Alu-J) 

query: gnl|alu|D00596_HSAL003180 (Alu-Sx) 
match: gnl|alu|D00596_HSAL003180 (Alu-Sx) 
match: gnl|alu|J03071_HSAL001860 (Alu-J) 
match: gnl|alu|X72409_HSAL005025 (Alu-Sx) 

query: gnl|alu|X55502_HSAL000745 (Alu-J) 
match: gnl|alu|X55502_HSAL000745 (Alu-J)

Previous Page
Print Page

Next Page  

ALIGNMENT SCORING SYSTEMS

Dayhoff, M.O., Schwartz, R.M. & Orcutt, B.C. (1978) «A
model of evolutionary change in proteins.» In «Atlas of Protein
Sequence and Structure, vol. 5, suppl. 3.» M.O. Dayhoff (ed.),
pp. 345-352, Natl. Biomed. Res. Found., Washington, DC.

Schwartz, R.M. & Dayhoff, M.O. (1978) «Matrices for
detecting distant relationships.» In «Atlas of Protein Sequence
and Structure, vol. 5, suppl. 3.» M.O. Dayhoff (ed.), pp.
353-358, Natl. Biomed. Res. Found., Washington, DC.

Altschul, S.F. (1991) «Amino acid substitution matrices from
an information theoretic perspective.» J. Mol. Biol.
219:555-565.
PubMed

States, D.J., Gish, W., Altschul, S.F. (1991) «Improved
sensitivity of nucleic acid database searches using
application-specific scoring matrices.» Methods 3:66-70.

Henikoff, S. & Henikoff, J.G. (1992) «Amino acid substitution matrices from
protein blocks.» Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:10915-10919.
PubMed

Altschul, S.F. (1993) «A protein alignment scoring system
sensitive at all evolutionary distances.» J. Mol. Evol.
36:290-300.
PubMed

Как установить Toon Blast на ПК или ноутбук

С учетом того, что данная игра позволяет провести синхронизацию различных устройств, то иногда бывает удобно загрузить ее на компьютер, чтобы дома в спокойной обстановке следить за блоками на большом экране. К сожалению, компьютерной версии игры нет. Поэтому придется использовать иные средства, позволяющие запустить Андроид-приложение на ОС Виндовс. Например, для этих целей можно взять эмулятор BlueStacks. Данная программа русифицирована, а значит, у вас не возникнет проблем ни с ее установкой, ни во время использования.

Все, что вам надо на случай, если данной программы у вас еще нет, скачать ее и запустить инсталлятор. Далее вам предложат пошагово выполнить инструкции. Там нет ничего сложного. Например, вам надо будет подписать лицензионное соглашение (для этого достаточно поставить галочку в нужном окне), указать директорию для загрузки приложения (система сама предложит вариант, так что вы можете лишь с ним согласиться), разрешить доступ к интернету и к Магазину приложений (здесь убедитесь, что в нужных окнах стоят галочки), а также предложит разместить ярлык программы на рабочем столе или в другом месте (вам также надо будет выбрать варианты).

После перезагрузки компьютера откройте установленную программу. Теперь вам надо будет выбрать вкладку с Гугл Плей, ввести данные учетной записи. Далее вы получите доступ к Магазину приложений, где можно легко найти нужную вам игру и кликом на «Установить» запустить ее инсталляцию. По ее окончании ярлык с игрой окажется в окне эмулятора. Достаточно будет по нему нажать дважды, чтобы открыть игру и погрузиться в мир головоломки.

Use Genomic BLAST to see the genomic context

Fri, 13 Apr 2007 07:00:00 EST

If you are interested in the evolution of a particular gene or gene family it is often intetesting to examine the intro-exon structure even across species. Often, the only data available is the mRNA sequence from a cDNA or a curated database such as refseq. Is it possible, however, to see how the mRNA aligns to genomic sequence using BLAST and thus arrive at an idea of its possible intron exon structure.

Genomic BLAST pages are helpful because they allowthe genomic context of a BLAST search to be displayed in the Map Viewer. For example using discontiguous MegaBLAST (cross-species Megablast) the human RefSeq transcript for albumin (NM_000477) can be used to identify the homolog in the rat genome (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/seq/BlastGen/BlastGen.cgi?taxid=10116).

After formatting the results the hits to the genomic contigs can be seen.

Select the «GenomeView” button to see the hits arranged on the Rat genome map.


 

Random

  • На звонок

    Johnny Popcorn

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Move town

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Graeme Rosner

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Handsome Boy Modeling School feat. Cat Power

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Set Sights

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Jagertown

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Sanatorium Six

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Гулнур Оразымбетова

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Jack Bruce & Ginger Baker & The Graham Bond Organisation

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Theatria

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Unrelenting Force

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Gezuriya

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Баста feat. Полина Гагарина

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Peace and the Chaos

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Luxuria de Lillith

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Wretched Are The Suns

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Outcome

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Александра Муратова

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Ensemble Wolfgang von Karajan

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Soapbox

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Monotype, Two Mind, Method

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Jonah

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    B.B. and the Blues Shacks

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    DEEP HOUSE | Costa Mee & Pete Bellis & Tommy

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Nerons

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Kamau

    The Icarus (ОСТ из фильма «Рождение нации / The Birth of a Nation»)

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Cliff And Ivy

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Code Orange

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Bando Pop

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Stoney Banks

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Смесь Стилей (Латышев Денис) feat. Артём Татищевский

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Loner Wolf

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Bodychoke

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Christopher Alexander

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Sven Väth

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    SeanTré

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Iveta Bartošová

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Sr Jingles

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    Yoka

    СКАЧАТЬ

  • На звонок

    The Outlawz

00.00

00.00

Personality

Nothing is known of Blast’s personality, as he has made no appearances in the manga. He does not disclose his personal information in the Hero Association Catalog.

Expand to see original webcomic information. Beware of spoiler content.

Akin to Saitama, Blast considers his hero work a hobby. He also seems to have independent tendencies, keeping his location and status unknown, advising Tatsumaki to use her own powers to defend herself rather than expecting others to save her, and only showing up on his own terms (in his case, according to Sitch, when humanity is in peril). Blast’s attack on the ninja village also indicates that he doesn’t show mercy towards humans who he views as evil, similar to Sweet Mask.

ALIGNMENT STATISTICS

Altschul, S.F. & Gish, W. (1996) «Local alignment
statistics.» Meth. Enzymol. 266:460-480.
PubMed

Karlin, S. & Altschul, S.F. (1990) «Methods for assessing
the statistical significance of molecular sequence features by
using general scoring schemes.» Proc. Natl. Acad. Sci. USA
87:2264-2268. PubMed

Karlin, S. & Altschul, S.F. (1993) «Applications and
statistics for multiple high-scoring segments in molecular
sequences.» Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:5873-5877. PubMed

Dembo, A., Karlin, S. & Zeitouni, O. (1994) «Limit
distribution of maximal non-aligned two-sequence segmental
score.» Ann. Prob. 22:2022-2039.

Altschul, S.F. (1997) «Evaluating the statistical
significance of multiple distinct local alignments.» In
«Theoretical and Computational Methods in Genome Research.» (S.
Suhai, ed.), pp. 1-14, Plenum, New York.

Schaffer AA, Aravind L, Madden TL, Shavirin S, Spouge JL, Wolf YI,
Koonin EV, Altschul SF. (2001)
«Improving the accuracy of PSI-BLAST protein database searches with
composition-based statistics and other refinements.» Nucleic Acids Res.
2001 Jul 15;29(14):2994-3005.
PubMed

Park Y, Sheetlin S, Ma N, Madden TL, & Spouge JL. (2012)
«New finite-size correction for local alignment score distributions.» BMC Res Notes. 2012 Jun 12;5:286.
PubMed

Саундтреки

Из фильма В центре вниманияИз фильма Ван ХельсингИз сериала Дневники ВампираИз фильма Скауты против зомбииз фильмов ‘Миссия невыполнима’Из фильма Голодные игры: Сойка-пересмешница. Часть 2OST ‘Свет в океане’OST «Большой и добрый великан»из фильма ‘Новогодний корпоратив’из фильма ‘Список Шиндлера’ OST ‘Перевозчик’Из фильма Книга джунглейиз сериала ‘Метод’Из фильма ТелохранительИз сериала Изменыиз фильма Мистериум. Тьма в бутылкеиз фильма ‘Пассажиры’из фильма ТишинаИз сериала Кухня. 6 сезониз фильма ‘Расплата’ Из фильма Человек-муравейиз фильма ПриглашениеИз фильма Бегущий в лабиринте 2из фильма ‘Молот’из фильма ‘Инкарнация’Из фильма Савва. Сердце воинаИз сериала Легко ли быть молодымиз сериала ‘Ольга’Из сериала Хроники ШаннарыИз фильма Самый лучший деньИз фильма Соседи. На тропе войныМузыка из сериала «Остров»Из фильма ЙоганутыеИз фильма ПреступникИз сериала СверхестественноеИз сериала Сладкая жизньИз фильма Голограмма для короляИз фильма Первый мститель: ПротивостояниеИз фильма КостиИз фильма Любовь не по размеруOST ‘Глубоководный горизонт’Из фильма Перепискаиз фильма ‘Призрачная красота’Место встречи изменить нельзяOST «Гений»из фильма ‘Красотка’Из фильма Алиса в ЗазеркальеИз фильма 1+1 (Неприкасаемые)Из фильма До встречи с тобойиз фильма ‘Скрытые фигуры’из фильма Призывиз сериала ‘Мир Дикого Запада’из игр серии ‘Bioshock’ Музыка из аниме «Темный дворецкий»из фильма ‘Американская пастораль’Из фильма Тарзан. ЛегендаИз фильма Красавица и чудовище ‘Искусственный интеллект. Доступ неограничен»Люди в черном 3’из фильма ‘Планетариум’Из фильма ПрогулкаИз сериала ЧужестранкаИз сериала Элементарноиз сериала ‘Обратная сторона Луны’Из фильма ВаркрафтИз фильма Громче, чем бомбыиз мультфильма ‘Зверопой’Из фильма БруклинИз фильма Игра на понижениеИз фильма Зачарованнаяиз фильма РазрушениеOST «Полный расколбас»OST «Свободный штат Джонса»OST И гаснет светИз сериала СолдатыИз сериала Крыша мираИз фильма Неоновый демонИз фильма Москва никогда не спитИз фильма Джейн берет ружьеИз фильма Стражи галактикииз фильма ‘Sos, дед мороз или все сбудется’OST ‘Дом странных детей Мисс Перегрин’Из игры Contact WarsИз Фильма АмелиИз фильма Иллюзия обмана 2OST Ледниковый период 5: Столкновение неизбежноИз фильма Из тьмыИз фильма Колония Дигнидадиз фильма ‘Страна чудес’Музыка из сериала ‘Цвет черёмухи’Из фильма Образцовый самец 2из фильмов про Гарри Поттера Из фильма Дивергент, глава 3: За стеной из мультфильма ‘Монстр в Париже’из мультфильма ‘Аисты’Из фильма КоробкаИз фильма СомнияИз сериала Ходячие мертвецыИз фильма ВыборИз сериала Королек — птичка певчаяДень независимости 2: ВозрождениеИз сериала Великолепный векиз фильма ‘Полтора шпиона’из фильма Светская жизньИз сериала Острые козырьки

References

  1. One-Punch Man Manga; Chapter 85, page 5

  2. One-Punch Man Manga; Chapter 119, page 20

  3. One-Punch Man Webcomic; Chapter 106, page 8
  4. One-Punch Man Manga; Chapter 29, page 20

  5. One-Punch Man Webcomic; Chapter 106, page 9
  6. One-Punch Man Manga; Chapter 84, page 116-117

  7. One-Punch Man Manga; Chapter 29, page 11

  8. One-Punch Man Manga; Chapter 30, page 2

  9. One-Punch Man Manga; Chapter 85, page 4

  10. One-Punch Man Manga; Chapter 119, page 16-17

  11. One-Punch Man Manga; Chapter 135, page 9

  12. One-Punch Man Manga; Chapter 44, page 13

  13. One-Punch Man Manga; Chapter 85, page 5

  14. One-Punch Man Manga; Chapter 84, page 62

  15. One-Punch Man Encyclopedia; One-Punch Man: Hero Encyclopedia, page 79
  16. One-Punch Man Manga; Chapter 135, page 9

  17. One-Punch Man Manga; Volume 17

Подборки

Армейские ПесниКлассика пианиноМузыка из рекламыДетские песни из мультфильмовМузыка для аэробикиСборник песен 70х годовДля любимого человекаКлассика в современной обработкеКлубные миксы русских исполнителей3D ЗвукДальнобойщикиЗарубежный рэп для машиныТоповые Клубные ТрекиМощные БасыДискотека 2000Песни про папуХристианские ПесниЗимняя МузыкаМузыка Для МедитацииРусские Хиты 90ХГрустная МузыкаRomantic SaxophoneТанцевальный хип-хопНовогодние песниЗарубежные хиты 80 — 90Песни про покемонаРомантическая МузыкаМотивация для тренировокМузыка для сексаМузыка в машинуДля силовых тренировокПремия «Grammy 2017»

Troubleshooting

ERROR: «No significant similarity found»

Below are common reasons that a BLAST search results in the «No significant similarity found» message.

  • Short query sequences: Short alignments may have Expect values above the default threshold, which is 10 on most pages, and, therefore, are not displayed. Try increasing the Expect threshold (under ‘Algorithm parameters’). Also, see the FAQ .
  • Filtering: Some of the BLAST programs mask regions of low complexity by default. These regions are not allowed to initiate alignments, so if your query is largely low complexity, the filter may prevent all hits to the database. On the Basic BLAST pages, adjust the filter settings in the section ‘Filters and Masking’, under ‘Algorithm parameters’.
    For a description of low complexity filters, see

ERROR: An error has occurred on the server, Too many HSPs to save all

This error occurs when the total number of high-scoring segment pairs (HSPs) is far too many for the BLAST servers to return the results. This is rare as the results have to be several hundred megabytes of information for this to happen. However, there are certain searches which could generate a huge amount of data. Most typically this error occurs when the default filters are turned off or when the query sequences have repeat elements in them. If you get this error, you have numerous options depending on your goals:

  • 1.) Enable species specific repeats if applicable, see .
  • 2) If using tblastx, try blastx instead. The tblastx program is very CPU intensive as it not only translates the query in six reading frames but every database sequence as well. Often, using tblastx is a measure of last resort; a blastx search against a database of known proteins may provide what you need.
  • 3) Search a smaller database, such as refseq_rna. Larger databases obviously contain more sequences and for some queries this results in numerous «background» hits. If you want a database of known mRNAs (and their translations) then refseq_rna is a good choice.
  • 4) Break up large queries into smaller pieces; submit each piece in a separate search. A common cause of errors in BLAST is searching with a huge sequence, like a complete chromosome, against a large database like nr. This is better accomplished in portions rather than one large, continuous sequence.
  • 5) Limit the database by taxonomy. Start with large groups, such as mammals, bacteria, etc. Any taxonomic node or tax id number that you can find in the Taxonomy browser can be used in the ‘Organism’ text box; see the BLAST FAQ, Also see the Taxonomy browser.
  • 5) You may be hitting a large number of ‘PREDICTED’ or ‘hypothetical protein’ records. If you do not want these hits, use an Entrez Query such as: all NOT predicted.
  • 6) For megablast and blastn searches, try increasing the word size and/or decreasing the Expect threshold.

This error occurs when your search is so large that the backend machines can not complete it in the time allowed, which is about one hour of combined CPU time. This is distinct from the «Too many HSPs» error in that there are no results and the servers have essentially killed the process. However, the causes, such as large output or unfiltered queries, are similar.

If you get this error you have numerous options depending on your goals. See the BLAST FAQ, .

Why some batch searches on the web may seem to take longer than expected.

The NCBI WWW BLAST server is a shared resource, and it would be unfair for a few users to monopolize it.
To prevent this, the server gives priority to interactive users who run a moderate number of searches.
The server also keeps track of how many queries are in the queue for each user as well as how many searches a user has performed recently
and prioritizes searches accordingly.

Submitting searches on off-hours (8 pm to 8 am EST) may provide better throughput.
Users with large numbers of queries should use stand-alone BLAST or services at a cloud provider.
See for details.

Категории

  • Поп-музыка
  • Электронная музыка
  • Транс
  • Альтернативная музыка
  • Рок
  • K-Pop
  • Рэп
  • Танцевальная музыка
  • Техно
  • Фолк
  • Метал
  • Хаус
  • Разное
  • Классическая музыка
  • Русский шансон
  • R&B и соул
  • Регги
  • Авторы-исполнители
  • Джангл
  • драм-н-бэйс
  • Латино
  • Саундтреки
  • Со всего мира
  • Кантри
  • Блюз
  • J-pop
  • Джаз
  • Христианская музыка и госпел
  • Французская поп-музыка
  • Блэк-металл
  • Дэт-металл
  • Индийская музыка
  • Детская музыка
  • Панк
  • Нью-эйдж
  • Инструментальная музыка
  • Фанк
  • Инди-поп
  • Немецкий поп
  • Хардкор
  • Дабстеп
  • Новая волна
  • Бразильская музыка
  • Африканская музыка
  • Арабская музыка
  • Турецкая музыка
  • Медитация
  • Аниме
  • Разговорный жанр
  • Психоделическая
  • Вокал
  • Гранж
  • Ска
  • Рок-н-ролл
  • Мюзиклы
  • Даб
  • Электроника
  • Русская музыка
  • Танго
  • Легкая музыка
  • Диско
  • Азия
  • Рождество
  • Современная народная музыка
  • Новая акустическая
  • Спорт и активный отдых
  • Биографии и мемуары
  • Кельтская музыка
  • Франция
  • Дэт-метал
  • блэк-метал
  • Китайская музыка
  • IDM
  • экспериментальный
  • Индастриал
  • Тайская поп-музыка
  • Самба
  • Южная Америка
  • Оркестровая музыка
  • Камерная музыка
  • Ретро
  • Современный джаз
  • Израильская музыка
  • Альтернатива
  • Исламская музыка
  • estrada
  • eastern
  • Русская поп-музыка
  • armenian
  • azerbaijani
  • tatar
  • balkan

Simple NCBI Directory

  • NCBI Education
  • NCBI Help Manual
  • NCBI Handbook
  • Training & Tutorials
  • Submit Data
  • Chemicals & Bioassays
  • Data & Software
  • DNA & RNA
  • Domains & Structures
  • Genes & Expression
  • Genetics & Medicine
  • Genomes & Maps
  • Homology
  • Literature
  • Proteins
  • Sequence Analysis
  • Taxonomy
  • Variation
  • PubMed
  • Bookshelf
  • PubMed Central
  • BLAST
  • Nucleotide
  • Genome
  • SNP
  • Gene
  • Protein
  • PubChem
  • Genetic Testing Registry
  • GenBank
  • Reference Sequences
  • Gene Expression Omnibus
  • Genome Data Viewer
  • Human Genome
  • Mouse Genome
  • Influenza Virus
  • Primer-BLAST
  • Sequence Read Archive
  • About NCBI
  • Research at NCBI
  • NCBI News & Blog
  • NCBI FTP Site
  • NCBI on Facebook
  • NCBI on Twitter
  • NCBI on YouTube
  • Privacy Policy

Поиск: семейство BLASTN

Поиск гомологов нуклеотидной последовательности в нуклеотидной базе данных проводит программа blastn. Обязательные параметры:

  • -task: алгоритм, который используется при поиске. Варианты: blastn, megablast, dc-megablast

  • -query: имя файла с последовательностью запроса

  • -db: имя базы данных

Запустим поиск:

blastn -task blastn -query query.fasta -db db.fasta

По умолчанию найденные выравнивания подаются на stdout.

Дополнительные параметры:

  • -out: имя выходного файла

  • -evalue: порог на E-value. Выравнивания с E-value большим, чем порог, не выдаются. Значение по умолчанию — 10

  • -word_size: длина затравки в нуклеотидах. Значение по умолчанию разное для разных алгоритмов: 11 для blastn и 28 для megablast

  • -outfmt: формат выходного файла. Значение по умолчанию — 0. Популярно также значение 7 — таблица с комментариями

  • -num_alignments: максимальное число последовательностей базы данных, для которых приводятся выравнивания. Значение по умолчанию – 250

Пример:

blastn -task blastn -query query.fasta -db test.fasta -out blast.out -evalue 0.001 -word_size 7 -outfmt 7

Полный список опций можно получить, набрав:

blastn -help

Могут понадобиться, в частности, параметры -penalty, -reward, -gapopen, -gapextend`.

Программа blastn, как и другие программы поиска (blastp, blastx, tblastn) может принимать в качестве входа (query) файл, содержащий не одну, а много последовательностей. Выходной файл в этом случае будет содержать результаты поиска для каждой входной последовательности. Особенности алгоритма BLAST таковы, что получение результата в этом случае занимает меньше времени, чем сумма времён поисков по отдельным последовательностям. Если входных последовательностей много, то часто удобно в качестве выходного формата выбрать «-outfmt 6» – таблицу без комментариев.

Оцените статью
Рейтинг автора
5
Материал подготовил
Андрей Измаилов
Наш эксперт
Написано статей
116
Добавить комментарий