Graphviz: как идти от.точка на графике?

mermaid Basics

For mermaid diagrams, DiagrammeR uses the processing function called . What you pass into is a valid graph or sequence diagram specification. The specification can either be delivered to in the form of a string, a reference to a mermaid file (with a file extension), or as a text connection.

All of the code examples provided in later sections call the function in an R script and pass in a specification as a string. It is important to consider that strings in R cannot contain any unescaped double-quote characters. However, the function allows for single-quote characters in their place. As a further convenience, when a mermaid graph description is supplied as a file (e.g., ‘mermaid-graph.mmd‘) or as a text connection, either format for quotes will be accepted.

In very recent builds of RStudio, the use of an external text file with the file extension can provide the advantage of syntax coloring and previewing in the RStudio Viewer pane after saving (if ‘Preview on Save’ is selected), or, by pressing the ‘Preview’ button on the Source pane.

Версии для печати

Как известно, трудно добиться хорошего результата одновременно на экране и на принтере, в силу разных разрешений. Картинка экранного разрешения будет плохо (с «зазубринами») выглядеть на принтере, а картинка печатного разрешения, будет очень плохо выглядеть на экране (к сожалению, современные броузеры выполняют очень примитивный ресайзинг картинок при показе), и будет достаточно много «весить». Все соображения о печатных картинках также относятся к случаю, когда вы переносите (например, копируя вебстраницу из броузера через клипборд) содержимое MediaWiki-статьи в MS Word или другой текстовый редактор.
Для такого, «печатного» случая (т. е. если у вас не примитивные графы, и вы собираетесь их печатать или переносить в другую систему верстки), мы сделали «печатную версию» всех перечисленных графов, с разрешением около 200 DPI. Для этого надо использовать те же самые тэги с постфиксом «-print», например «graph-print»,«neato-print», и т.п.:

Полученные картинки являются компромиссом, между весом, читаемостью на экране и читаемостью на бумаге.
Желательно не использовать для совершенно тривиальных графов, или графов, которых вы не собираетесь печатать.

neato

The neato layout provides spring model layouts. This is a suitable layout if the graph is not too large (less than 100 nodes) and you don’t know anything else about it. The neato layout attempts to minimize a global energy function, which is equivalent to statistical multi-dimensional scaling. Have a look at the previous graph, rendered with the neato layout:

Things do actually get interesting if there are lots of nodes. Here is an example of an undirected graph with 407 nodes amongst several ranks. Graph edges have varying lengths. (The code is not presented here as it is rather lenghty but it is available as a GitHub gist.)

The graph specification can have an entirely different layout with the neato layout if the graph attribute is set to instead of the default value (GitHub gist). What occurs in this case is that node overlaps are removed by a Voronoi-based technique.

DiagrammeR Implementation

For Graphviz graphs, DiagrammeR uses the processing function called . What you pass into is a valid graph specification in the DOT language. The DOT graph description can either be delivered to in the form of a string, a reference to a Graphviz file (with a file extension), or as a text connection.

All of the code examples provided in later sections call the function in an R script and pass in a graph description as a string. It is important to consider that strings in R cannot contain any unescaped double-quote characters. However, the function allows for single-quote characters in their place. As a further convenience, when the DOT graph description is supplied as a file (e.g., ‘dot-graph.gv’) or as a text connection, either format for quotes will be accepted.

In very recent builds of RStudio, the use of an external text file with the file extension can provide the advantage of syntax coloring and previewing in the RStudio Viewer pane after saving (if ‘Preview on Save’ is selected), or, by pressing the ‘Preview’ button on the Source pane.

История изменений[edit]

  • In 2004 the user Coffman created an extension to MediaWiki in response to a basic need: rendering graphs online. He found the utility Graphviz in use on another wiki application, and thought about adapting it for MediaWiki (the wiki he actually used). Exploring the Graphviz tool, he discovered an incredible tool for making graphs.
  • Later on, many people improved the extension on their own or provided little bug fixes as snippets on the discussion page. This led to several functional solutions for different use cases, and to a bit of chaos.
  • Also in 2006, Ruud Schramp created the MscGen extension, adapting the code from the GraphViz extension to work with MscGen.
  • In 2008 Matthew Pearson created the extension GraphVizAndMSCGen, combining the code from the GraphViz with the MscGen extension.
  • In 2010 Thomas Hummel merged these and other versions, along with his own fixes, to try to create a working solution for several OSes in one file.
  • In 2011 Jeroen De Dauw uploaded the resulting code onto MediaWiki SVN.

Notes

  1. In the formats: -Tcmap, -Tcmapx, -Tsvg, -Tvml, the output generates
    ‘id=»node#»‘ properties for nodes, ‘id=»edge#»‘ properties for edges, and ‘id=»cluster#»‘ properties for clusters, with the ‘#’ replaced by an internally assigned integer. These strings can be provided instead by an externally provided «id=xxx» attribute on the object.
    Normal «\N» «\E» «\G» substitutions are applied.
    Externally provided id values are not used internally, and it is the use’s reponsibilty to ensure
    that they are sufficiently unique for their intended downstream use.
    Note, in particular, that «\E» is not a unique id for multiedges.

Неориентированные графы

Наряду с рисованием ориентированных графов, есть несколько методов для автоматического рисования неориентированных графов (будем рассматривать их на примере несложной ER-диаграммы).

В отличие от автоматического рисования направленных («directed») графов, основанных на ранговой модели, есть несколько подходов к раскладке ненаправленных графов.

Graph

Ненаправленный граф можно нарисовать с помощью рангового подхода (несмотря на ненаправленность ребер) — будет использоваться программа «dot». Как это будет выглядеть для простой ER-диаграммы, можно увидеть ниже.

Очевидна неоптимальность такого подхода для неориентированных графов.

Neato

Метод «neato» использует «энергетическую» (spring) модель, по сути, близкую к методу искуственного отжига — начиная с некоторого состояния вершины перемещаются, чтобы минимизировать некую потенциальную энергию. Рекомендуем для ненаправленных графов общего вида.

FDP

Метод «fdp» по сути, близок к методу «neato», и использует другую разновидность «энергетического» («spring») подхода. Также рекомендуется для ненаправленных графов общего типа.

Twopi

Метод «twopi» рисует графы с радиальной раскладкой. По сути одна вершина выбирается центральной, и помещается в центр, а остальные размещаются на последовательности концентрических орбит, вокруг этой вершины. Т.е. все вершины на расстоянии в «одно ребро» от центра, лежат на первой орбите, «в два ребра» — на второй и т. д.

CIRCO

Метод «circo» использует «circular layout». Выделяются двусвязные компоненты (каждая вершина имеет по крайней мере два ребра) и вершины этих компонент рисуются на некотором круге. «Дополнительные» ребра рисуются радиально и далее процесс повторяется. Пересечение ребер внутри круга минимизируется максимально возможным выносом ребер с круга за его периметр.

Apple Mac OS/X

Currently, Glen Low provides a full-featured port of
Graphviz.
Also, Ryan Schmidt maintains versions of Graphviz for macports.

We recommend using macports to install the desired third-party
libraries. Once these have been installed,
the standard build using configure and make works fine. The only caveat
is that sometimes, an incompatible, non-GNU tool is picked up
rather than the needed GNU version.

Compiling Smyrna for OS X, Snow Leopard (Amanda Stent)

Xcode:

First if you updated from Leopard you have to reinstall developer tools. No getting around it, I tried, you just have to do it.

Macports:

Then you have to uninstall and clean up the Macports ports, all of them. Take the opportunity to reinstall Macports itself. There are migration instructions on the web, but it’s a little hairier than they make it out to be because some of the links (e.g. hs-ports) will not be there and you will have to get over those hurdles manually.

Briefly, to do a clean install of macports do:

Then you have to install all the tools needed for Smyrna, glut, glade, etc., and all their dependencies. This takes days.

Now macports doesn’t do glut separately. It’s sneaky because if you say install glut, something will happen, but actually glut now comes with mesa. This will mess up your head. (The real meat of glut is part of the mesa package — ed.)

Graphviz:

Then you get your graphviz and you configure with . I used the following:

(I use:

ed.)

On the webs they say to use -framework commandline option to gcc; however I couldn’t figure out how to make this work with the makefile and configure file for graphviz.

Now, I got to a certain point and it grumbled about permissions and refused to go any further. So you may have to chmod in the source directory.

And I got to the point where it was building gv_perl.cpp and it refused to go any further. I got around this eventually by changing the call to XS to XSPROTO, thus obviating the need for (what does it do for you? nothing!).

And then it said it was done but when I went to run it it wouldn’t start due to some missing template.dot so then you make clean, and make install again because by now you are confused as well.

And then it should work!

By the way making by sneakily cd’ing into the macosx folder and using the makefile labeled with your OS does not work.

Source Packages

For most cases where you want or need to build from source, you should grab one
of the source packages linked below.
They contain all of required generated files. You just need to run
to tailor the build to your machine and its libraries. The typical installation
process is:

The script has many options for further tailoring the build
process. Run

to see these.

graphviz stable releases development snapshots
Sources
all

all
 
webdot current stable release development snapshot
Sources
webdot-2.30.tar.gzwebdot-2.30.tar.gz.md5

webdot-2.39.20170725.2013.tar.gzwebdot-2.39.20170725.2013.tar.gz.md5
 

Features

  • Animated transition of one graph into another
  • Edge path tweening
  • Node shape tweening
  • Fade-in and fade-out of entering and exiting nodes and edges
  • Animated growth of entering edges
  • Panning & zooming of the generated graph

Graphviz methods typically return the graphviz renderer instance, allowing the concise application of multiple operations on a given graph renderer instance via method chaining.

d3.select("#graph")
  .graphviz()
    .renderDot('digraph {a -> b}');

It is also possible to call with a selector as the argument like so:

d3.graphviz("#graph")
    .renderDot('digraph {a -> b}');

Provides plotting capabilities for R graph objects

Bioconductor version: Release (3.12)

Interfaces R with the AT and T graphviz library for plotting R graph objects from the graph package.

Author: Kasper Daniel Hansen , Jeff Gentry , Li Long , Robert Gentleman , Seth Falcon , Florian Hahne , Deepayan Sarkar

Maintainer: Kasper Daniel Hansen <kasperdanielhansen at gmail.com>

Citation (from within R,
enter ):

Installation

To install this package, start R (version
«4.0») and enter:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("Rgraphviz")

For older versions of R, please refer to the appropriate
Bioconductor release.

Documentation

To view documentation for the version of this package installed
in your system, start R and enter:

browseVignettes("Rgraphviz")

PDF

R Script

A New Interface to Plot Graphs Using Rgraphviz

PDF

R Script

How To Plot A Graph Using Rgraphviz
PDF   Reference Manual
Text   NEWS

Details

biocViews , ,
Version 2.34.0
In Bioconductor since BioC 1.6 (R-2.1) or earlier (> 15.5 years)
License EPL
Depends R (>= 2.6.0), methods, utils, graph, grid
Imports stats4, graphics, grDevices
LinkingTo
Suggests RUnit, BiocGenerics, XML
SystemRequirements optionally Graphviz (>= 2.16)
Enhances
URL
Depends On Me biocGraph, BioMVCClass, CellNOptR, flowCL, flowMerge, GOFunction, maEndToEnd, MineICA, netresponse, paircompviz, pathRender, ROntoTools, SplicingGraphs, TDARACNE
Imports Me apComplex, biocGraph, BiocOncoTK, chimeraviz, CompGO, CytoML, DEGraph, EnrichmentBrowser, flowWorkspace, GeneNetworkBuilder, GOFunction, GOstats, hyperdraw, MIGSA, mirIntegrator, mnem, OncoSimulR, ontoProc, paircompviz, pathview, Pigengene, qpgraph, RchyOptimyx, SplicingGraphs, trackViewer, TRONCO
Suggests Me a4, altcdfenvs, annotate, BiocCaseStudies, Category, CNORfeeder, CNORfuzzy, DEGraph, flowCore, geneplotter, GlobalAncova, globaltest, GSEABase, KEGGgraph, MLP, NCIgraph, NCIgraphData, pkgDepTools, RBGL, RBioinf, rBiopaxParser, RDAVIDWebService, RpsiXML, Rtreemix, safe, SNAData, SPIA, SRAdb, Streamer, topGO, ViSEAGO, vtpnet
Links To Me
Build Report  

Package Archives

Follow instructions to use this
package in your R session.

Source Package Rgraphviz_2.34.0.tar.gz
Windows Binary

Rgraphviz_2.34.0.zip

macOS 10.13 (High Sierra) Rgraphviz_2.34.0.tgz
Source Repository git clone https://git.bioconductor.org/packages/Rgraphviz
Source Repository (Developer Access) git clone git@git.bioconductor.org:packages/Rgraphviz
Package Short Url https://bioconductor.org/packages/Rgraphviz/
Package Downloads Report Download Stats

dot

By default, the function renders graphs using the standard dot layout. However, the neato, twopi, and circo layouts are selectable by supplying those names in a statement.

The dot layout flows the directed graph in the direction of rank (i.e., downstream nodes of the same rank are aligned). By default, the direction is from top to bottom (where the graph attribute is set to ). The following examples will use the same Graphviz DOT code, differing only in the choice of layout. Here is the default dot output.

Note that in the previous example, rank 1 is the red node whereas ranks 2 and 3 are colored green and yellow, respectively. Alternatively, the rank direction can be set to left to right in a statement ().

unix.py¶

# unix.py - http://www.graphviz.org/content/unix

from graphviz import Digraph

u = Digraph('unix', filename='unix.gv',
            node_attr={'color' 'lightblue2', 'style' 'filled'})
u.attr(size='6,6')

u.edge('5th Edition', '6th Edition')
u.edge('5th Edition', 'PWB 1.0')
u.edge('6th Edition', 'LSX')
u.edge('6th Edition', '1 BSD')
u.edge('6th Edition', 'Mini Unix')
u.edge('6th Edition', 'Wollongong')
u.edge('6th Edition', 'Interdata')
u.edge('Interdata', 'Unix/TS 3.0')
u.edge('Interdata', 'PWB 2.0')
u.edge('Interdata', '7th Edition')
u.edge('7th Edition', '8th Edition')
u.edge('7th Edition', '32V')
u.edge('7th Edition', 'V7M')
u.edge('7th Edition', 'Ultrix-11')
u.edge('7th Edition', 'Xenix')
u.edge('7th Edition', 'UniPlus+')
u.edge('V7M', 'Ultrix-11')
u.edge('8th Edition', '9th Edition')
u.edge('1 BSD', '2 BSD')
u.edge('2 BSD', '2.8 BSD')
u.edge('2.8 BSD', 'Ultrix-11')
u.edge('2.8 BSD', '2.9 BSD')
u.edge('32V', '3 BSD')
u.edge('3 BSD', '4 BSD')
u.edge('4 BSD', '4.1 BSD')
u.edge('4.1 BSD', '4.2 BSD')
u.edge('4.1 BSD', '2.8 BSD')
u.edge('4.1 BSD', '8th Edition')
u.edge('4.2 BSD', '4.3 BSD')
u.edge('4.2 BSD', 'Ultrix-32')
u.edge('PWB 1.0', 'PWB 1.2')
u.edge('PWB 1.0', 'USG 1.0')
u.edge('PWB 1.2', 'PWB 2.0')
u.edge('USG 1.0', 'CB Unix 1')
u.edge('USG 1.0', 'USG 2.0')
u.edge('CB Unix 1', 'CB Unix 2')
u.edge('CB Unix 2', 'CB Unix 3')
u.edge('CB Unix 3', 'Unix/TS++')
u.edge('CB Unix 3', 'PDP-11 Sys V')
u.edge('USG 2.0', 'USG 3.0')
u.edge('USG 3.0', 'Unix/TS 3.0')
u.edge('PWB 2.0', 'Unix/TS 3.0')
u.edge('Unix/TS 1.0', 'Unix/TS 3.0')
u.edge('Unix/TS 3.0', 'TS 4.0')
u.edge('Unix/TS++', 'TS 4.0')
u.edge('CB Unix 3', 'TS 4.0')
u.edge('TS 4.0', 'System V.0')
u.edge('System V.0', 'System V.2')
u.edge('System V.2', 'System V.3')

u.view()

Кластеры в графах

Программа «Dot» позволяет объединять узлы графов в кластеры для подчеркивания общности.

Кластер описывается следующим синтаксисом:

subgraph имя{
свойство1 = "значение1",свойство2="значение2",...
узел1; 
узел2;
...
}

При этом имя подграфа должно начинаться с префикса cluster, иначе подграф не позволяет себя отобразить на экран(раскраска, контур, подпись, .. ).

Например:

 digraph G {
  rankdir=LR;
  subgraph cluster0 {
       node ;
       style=filled;
       color=lightgrey;
       a0;
       a1
       label = "process #1";
  }
  subgraph cluster1 {
       node ;
       b0;
       label = "process #2";
       color=blue
  }
  start -> a0;
  start -> b0;
  a0 -> a1 -> end;
  b0 -> end;
 }

Цвета

Graphviz позволяет использовать широкую цветовую палитру,
задавая цвета или по именам, в одной из известных палитр:

Набор палитр Brewer-а, что удобно при автоматической генерации схем — задаваемые числовым индексом цвета в более-менее вменяемой палитре.

Кроме именованных цветов, можно использовать обычное трехбайтное шестнадцатиричное кодирование

color="#FF0EDD"

SYNOPSIS

A basic example

require 'ruby-graphviz'

# Create a new graph
g = GraphViz.new( :G, :type => :digraph )

# Create two nodes
hello = g.add_nodes( "Hello" )
world = g.add_nodes( "World" )

# Create an edge between the two nodes
g.add_edges( hello, world )

# Generate output image
g.output( :png => "hello_world.png" )

The same but with a block

require 'ruby-graphviz'

GraphViz::new( :G, :type => :digraph ) { |g|
  g.world( :label => "World" ) << g.hello( :label => "Hello" )
}.output( :png => "hello_world.png" )

Or with the DSL

    require 'ruby-graphviz/dsl'
    digraph :G do
      world:label => "World" << hello:label => "Hello"

      output :png => "hello_world.png"
    end

Create a graph from a file

    require 'ruby-graphviz'

    # In this example, hello.dot is :
    #   digraph G {Hello->World;}

    GraphViz.parse( "hello.dot", :path => "/usr/local/bin" ) { |g|
      g.get_node("Hello") { |n|
        n:label = "Bonjour"
      }
      g.get_node("World") { |n|
        n:label = "Le Monde"
      }
    }.output(:png => "sample.png")
    require 'ruby-graphviz/graphml'

    g = GraphViz::GraphML.new( "graphml/cluster.graphml" )
    g.graph.output( :path => "/usr/local/bin", :png => "#{$0}.png" )

Accessing the Extracted Data

graphviz.data() <>

Returns the data extracted by or null if no such data exists.

Modifying an Existing Graph and Animating the Changes

This API provides methods draw nodes and edges and inserting them into the graph data. The application can then animate the changes made by providing and updated DOT source and render a new layout. The API also supports removing nodes and edge from the graph and the graph data.

graphviz.drawEdge(x1, y1, x2, y2[, attributes][, options]) <>

shortening — The number of points by which to draw the edge shorter than given by the coordinates. This is useful to avoid that the currently drawn edge is prohibiting mouse events on elements beneath the current mouse position. A typical such value is 2. The default value is 0.

graphviz.updateDrawnEdge(x1, y1, x2, y2[, attributes][, options]) <>

Updates properties and attributes of the edge currently drawn with , using the same arguments. This method cannot be used after the edge has been inserted into the graph data with .

graphviz.moveDrawnEdgeEndPoint( x2, y2[, options]) <>

Updates the end point of the edge currently drawn with , accepting the same options argument. This method cannot be used after the edge has been inserted into the graph data with .

graphviz.insertDrawnEdge(name) <>

graphviz.removeDrawnEdge() <>

Removes the edge currently drawn with . This method cannot be used after the edge has been inserted into the graph data with .

graphviz.drawNode(x, y, nodeId[, attributes]) <>

NOTE: User-defined shapes are not supported.

graphviz.updateDrawnNode(x, y, nodeId[, attributes]) <>

Updates properties and attributes of the node currently drawn with , using the same arguments. This method cannot be used after the node has been inserted into the graph data with .

graphviz.moveDrawnNode( x, y[, options]) <>

Updates the position of the upper left corner of the node currently drawn with , accepting the same options argument. This method cannot be used after the node has been inserted into the graph data with .

graphviz.insertDrawnNode(nodeId) <>

graphviz.removeDrawnNode() <>

Removes the node currently drawn with . This method cannot be used after the node has been inserted into the graph data with .

graphviz.drawnNodeSelection() <>

Returns a containing the node currently being drawn. The selection is empty if no node has been drawn or the lastest drawn node has been inserted into the graph data with .

Destroying the Graphviz Renderer

graphviz.destroy() <>

Removes the graphviz renderer from the element it was created on, terminates any active decicated web worker and closes any port connected to a shared web worker.

GraphViz: примеры создания графов и взаимосвязей

Select LanguageEnglishGermanFrenchSpanishPortugueseChineseArabicItalianKoreanJapanese

научное,
продуктивность

Есть много типов данных, которые можно и нужно представить наглядно в виде зависимости одного от другого. Это и генеалогическое дерево, и взаимосвязь проектов друг с другом, и многое другое. Это всё можно вручную отрисовывать в Inkscape, а можно последовать UNIX-way и доверить это GraphViz. Немного своих находок и зарубок на память — пример возможностей GraphViz.ПредысторияВ общем, GraphViz это язык управления взаимосвязями — не нужно их чертить руками, их нужно логически описать на языке программирования и доверить работу по вычерчиванию графов GraphViz. В первый раз я начал задумываться об этом тогда, когда мне пришлось построить взаимосвязи меду своими проектами — было подспудное ощущение, что я что-то пропустил и нужно создать ещё проекты.Сначала я использовал Kmindmap, но его возможности по построению множественных взаимосвязей на разных уровнях очень ограничены. Inkscape это, конечно, ручная работа, что при числе проектов более трёх десятков совсем не весело. И хотелось бы всё это интегрировать с LaTeX… После недолгих скитаний я понял, что изучение GraphViz сулит много хорошего и не так сложен в освоении.GraphViz вообще пригоден для всего, что только имеет смысл представлять в виде графов — любые процессы, сети и взаимосвязи. В сочетании с любым скриптовым языком это прекрасный инструмент для анализа и визуализации практически любой информации.

Граф при визуализации может быть представлен как иерархически (dot), так и по алгоритму минимизации энергии (energy minimized), когда узлы располагаются максимально компактно, насколько это возможно, не нарушая наглядность (neato). В общем, если информацию можно представить в виденаправленного или ненаправленного графа, GraphViz с этим легко справится.

Установка и первые шаги с GraphVizGraphViz есть в каждом уважающем себя дистрибутиве, и ставится пакетной системой на раз:Единственное, что следует отметить, что GraphViz имеет кучу зависимостей, так что его сборку лучше доверить вашим дистростроителям.Но допустим, что вы его успешно собрали или просто поставили из пакетного менеджера своего дистрибутива — что дальше? А дальше делаем быстрый старт: открываем свой любимый текстовый редактор и вставляем в него например вот это:И сохраняем в виде текстового файла, например temp.dot. Далее в консоли пишемТо есть перегоняем наш граф в формат PNG, чтобы можно было просмотреть его, скажем, с помощью gqview или любым другим просмотрщиком изображений. И вот что мы увидим:Начальную идею это должно передать, а за подробностями милости просим в это совершенно исключительное по художественной силе описание GraphViz. А я тем временем поделюсь своими заметками.Небольшой примерВ этом примере я сгруппировал наиболее часто мной используемые находки в GraphViz, такие как уровни в графе, размер текста и форму элементов. Дабы минимизировать проблемы с кириллицей, стоит сохранять данные в кодировке UTF8.Предварительные обозначенияСначала эти уровни обозначаем (в данном случае это от 50.000 до 10.000 — читавшие GTD меня поймут, не читавшие могут узнать об этом больше).Последовательность символов -> означает связь двух объектов, shape — форму объекта (рамка вокруг текста), color — соответственно цвет (здесь белый — чтобы не было видно рамки вокруг текста).После этого группируем данные и даём понять GraphViz, что группа принадлежит к этому уровню:Здесь задаём размертекста fontsize поменьше (из эстетических соображений) и говорим GraphViz, что эти куски текста должны быть на высоте 10.000 (определённый уровень).Теперь выстраиваем взаимосвязи объектов друг с другом:Тут две тонкости:

  1. чтобы текст в рамке разбить на несколько строк, ставим \n
  2. если нужно, чтобы стрелка была направлена в обе стороны — взаимная зависимость двух объектов — нужно рядом с зависимостью приписать ;

После этого можно собирать проект и перегонять его в любой удобный формат: PNG удобнее всего смотреть в просмотрщике, пока выстраивается структура, а потом перегнать это всё в SVG для печати или встраивания куда-нибудь.А теперь всё вместеКак только выставленные связи вас устроили и вы хотите посмотреть, что получилось — собираем проект и припадаем к просмотрщику, любуясь результатами своей деятельности. Вот полный код примера:Вставляем его в файл a.dot и набираем:Видим что-то вроде этого:Собственно, этот пример я состряпал на основе своего графа проектов, и этот код — только часть. Приведённый пример должен проиллюстрировать основные моменты работы с GraphViz, которые я часто забываю 🙂

angles.py¶

# angles.py - http://www.graphviz.org/Gallery/gradient/angles.html

from graphviz import Digraph

g = Digraph('G', filename='angles.gv')
g.attr(bgcolor='blue')

with g.subgraph(name='cluster_1') as c
    c.attr(fontcolor='white')
    c.attr('node', shape='circle', style='filled', fillcolor='white:black',
           gradientangle='360', label='n9:360', fontcolor='black')
    c.node('n9')
    for i, a in zip(range(8, , -1), range(360 - 45, -1, -45)):
        c.attr('node', gradientangle='%d' % a, label='n%d%d' % (i, a))
        c.node('n%d' % i)
    c.attr(label='Linear Angle Variations (white to black gradient)')

with g.subgraph(name='cluster_2') as c
    c.attr(fontcolor='white')
    c.attr('node', shape='circle', style='radial', fillcolor='white:black',
           gradientangle='360', label='n18:360', fontcolor='black')
    c.node('n18')
    for i, a in zip(range(17, 9, -1), range(360 - 45, -1, -45)):
        c.attr('node', gradientangle='%d' % a, label='n%d%d' % (i, a))
        c.node('n%d' % i)
    c.attr(label='Radial Angle Variations (white to black gradient)')

g.edge('n5', 'n14')

g.view()

Basic usage¶

The module provides two classes: and
. They create graph descriptions in the DOT language for
undirected and directed graphs respectively. They have the same
.

Create a graph by instantiating a new or
object:

>>> from graphviz import Digraph

>>> dot = Digraph(comment='The Round Table')

>>> dot  
<graphviz.dot.Digraph object at 0x...>

Their constructors allow to set the graph’s , the
for the DOT source and the rendered graph, a
for the first source code line, etc.

Add nodes and edges to the graph object using its and
— or -methods:

>>> dot.node('A', 'King Arthur')
>>> dot.node('B', 'Sir Bedevere the Wise')
>>> dot.node('L', 'Sir Lancelot the Brave')

>>> dot.edges()
>>> dot.edge('B', 'L', constraint='false')

The -method takes a identifier as first argument
and an optional . The -method takes the names of
start node and end node, while takes an iterable of
name pairs. Keyword arguments are turned into (node and edge) attributes (see
Graphviz docs on available attributes).

Check the generated source code:

>>> print(dot.source)  
// The Round Table
digraph {
    A 
    B 
    L 
    A -> B
    A -> L
    B -> L 
}

Use the -method to save the source code and render it with the
default layout program (, see below for using ).

>>> dot.render('test-output/round-table.gv', view=True)  
'test-output/round-table.gv.pdf'

Внешний вид графа

«Dot» позволяет изменять внешний вид графа. Например, можно изменять форму фигур (прямоугольники, овалы, круги, параллелограммы, многоугольники), цвет и шрифт текста, цвет фона фигур, стиль стрелок и рамок фигур, подписи стрелок и т. д.
Итак, основные объектами являются узлы («node») и ребра («edge»). Для того, чтобы настроить свойства всех узлов или ребер нужно вначале использовать команды

node
edge

Также (в квадратных скобках после описания объекта) можно изменять настройки конкретного узла или ребра. Параметры графа, просто задаются в виде параметр=значение.
Полезно запомнить параметр «rankdir», он может быть «TB» (top->bottom, параметр по умолчанию), или «LR» (left->right), и определяет, сверху-вниз, или справа-налево, нужно располагать узлы графа. Вот пестрый пример:

digraph G{
 rankdir=LR;
 node;
 edge;
 OPEN;
 CLOSED;
 VERIFIED;
 OPEN->RESOLVED->VERIFIED->CLOSED;
 OPEN->CLOSED;
 VERIFIED->OPEN;
}

на выходе будет

Если предполагается, что граф будут не только просматривать через IE, но и печатать, то необходимо установить ширину картинки, иначе при печати картинка будет обрезана. Для этого следует задать внутри описания

size="6.7,15";

Существенна только первая цифра. Число 6.7 подобрано эмпирически, оно обеспечивает печать полной картинки при настройках IE по умолчанию.

Graph Visualization

Graph visualization is a way of representing structural
information as diagrams of abstract graphs and networks.
Automatic graph drawing has many important applications in
software engineering, database and web design, networking,
and in visual interfaces for many other domains.

Graphviz is open source graph visualization software.
It has several main graph layout programs.
See the galleryfor some sample layouts.
It also has web and interactive graphical interfaces,
and auxiliary tools, libraries, and language bindings.

TheMac OS X edition of Graphviz, by
Glen Low, won two 2004 Apple Design Awards.

The Graphviz layout programs take descriptions of graphs in
a simple text language, and make diagrams in several useful
formats such as images and SVG for web pages, Postscript for
inclusion in PDF or other documents; or display in an interactive
graph browser. (Graphviz also supports GXL, an XML dialect.)

Graphviz has many useful features for concrete diagrams, such as options for
colors, fonts, tabular node layouts, line styles, hyperlinks, and
custom shapes.

In practice, graphs are usually generated from an external
data sources, but they can also be created and edited manually,
either as raw text files or within a graphical editor.
(Graphviz was not intended to be a Visio replacement, so it
is probably frustrating to try to use it that way.)

Defining a Graphviz Graph

The Graphviz graph specification must begin with a directive stating whether a directed graph () or an undirected graph () is desired. Semantically, this indicates whether or not there is a natural direction from one of the edge’s nodes to the other. An optional graph ID follows this and paired curly braces denotes the body of the statement list ().

Optionally, a graph may also be described as . This forbids the creation of multi-edges (i.e., there can be at most one edge with a given tail node and head node in the directed case). For undirected graphs, there can be at most one edge connected to the same two nodes. Subsequent statements using the same two nodes will identify the edge with the previously defined one and apply any attributes given in the statement.

Here is the basic structure:

Оцените статью
Рейтинг автора
5
Материал подготовил
Андрей Измаилов
Наш эксперт
Написано статей
116
Добавить комментарий